Το μεσημέρι της 22ας Αυγούστου 1911 οι Γάλλοι πάγωσαν, όταν πληροφορήθηκαν ότι η Μόνα Λίζα είχε κλαπεί από το Μουσείο του Λούβρου. Τις επόμενες μέρες το θέμα ήταν πρωτοσέλιδο…
Το περιστατικό αποκαλύφθηκε στις 11 το πρωί της 22ας Αυγούστου, όταν ο ζωγράφος Λουί Μπερού, που συνήθιζε να ζωγραφίζει αντίγραφα της Τζοκόντα και να τα πουλά στους επισκέπτες του Μουσείου, παρατήρησε με έκπληξη ότι ο πίνακας απουσίαζε από τη θέση του. Το ανέφερε στον αρμόδιο φύλακα, ο οποίος εντελώς βαριεστημένα του απάντησε ότι ίσως να βρισκόταν για συντήρηση. Ήταν Τρίτη και την προηγούμενη ημέρα (21 Αυγούστου) το Λούβρο ήταν κλειστό, λόγω της καθιερωμένης αργίας της Δευτέρας.
Σχεδόν αμέσως, ο επιθεωρητής Λεπέν διαπίστωσε την κλοπή, καθώς ανακάλυψε την κορνίζα του πίνακα κάτω από μια σκάλα, πολύ κοντά στο σημείο που εκτίθετο η Τζοκόντα. Τώρα έπρεπε να ανακαλύψει τον δράστη ή τους δράστες του ανοσιουργήματος. Οι έρευνές του στράφηκαν στους κατώτερους υπαλλήλους του Μουσείου με τους γλίσχρους μισθούς, στους εμπόρους τέχνης του Παρισιού και στους νεαρούς καλλιτέχνες της αβάν-γκαρντ, που διάκειτο εχθρικά στην παραδοσιακή τέχνη. Οι παριζιάνοι από την πλευρά τους πίστευαν ότι πίσω από τη θρασύτατη κλοπή μπορεί να βρισκόταν κάποιος αμερικανός μεγιστάνας ή ήταν έργο της Γερμανίας, που ήθελε να δυσφημήσει τη μεγάλη της αντίπαλο. Όταν το Λούβρο άνοιξε και πάλι τις πύλες του στις 29 Αυγούστου, χιλιάδες Γάλλοι περνούσαν μπροστά από την άδεια θέση της Τζοκόντα και έκλαιγαν γοερά, λες και είχαν χάσει ένα προσφιλές τους πρόσωπο.
Στις 7 Σεπτεμβρίου 1911 μία ακόμη έκπληξη περίμενε τους παριζιάνους. Η αστυνομία ανακοίνωσε τη σύλληψη του διακεκριμένου γαλλοπολωνού ποιητή Γκιγιόμ Απολινέρ και του ανερχόμενου ισπανού ζωγράφου Πάμπλο Πικάσο, ως υπόπτων για την κλοπή. Ο Πικάσο αφέθηκε ελεύθερος την ίδια μέρα, καθώς δεν προέκυψε το παραμικρό στοιχείο εις βάρος του και ο Απολινέρ πέντε μέρες αργότερα. Ο Τύπος, όμως, είχε φροντίσει να τους χρίσει ενόχους: «Ο Απολινέρ είναι αρχηγός διεθνούς σπείρας που έχει έρθει στη Γαλλία με σκοπό να ξαφρίσει τα μουσεία μας» έγραφε η «Paris Journal» στις 13 Σεπτεμβρίου. Τρομοκρατημένος ο ποιητής πρόλαβε να γράψει στίχους στο κελί του, προτού πέσει σε βαθιά μελαγχολία. Η σύντομη κράτησή του και οι ανυπόστατες εις βάρος του κατηγορίες αμαύρωσαν σοβαρά τη φήμη και την αξιοπιστία του.
Για τα επόμενα δύο χρόνια οι έρευνες περιέπεσαν σε τέλμα, παρότι οι κλέφτες επικυρήχθηκαν με μεγάλα ποσά από το κράτος και ιδιώτες. Η Τζοκόντα είχε κάνει φτερά και πολύς κόσμος πίστευε ότι είχε καταστραφεί. Η κατάσταση άλλαξε άρδην στις 29 Νοεμβρίου 1913, όταν ο ιταλός γκαλερίστας Αλφρέντο Τζέρι έλαβε ένα γράμμα ταχυδρομημένο από το Παρίσι. Ο αποστολέας του, κάποιος Λεονάρντο Βιτσέντσο, του έγραφε ότι έχει στην κατοχή του τη Μόνα Λίζα και ότι σκόπευε να τη χαρίσει στην Ιταλία, αφού λάμβανε μια εύλογη αμοιβή.
Ο Τζέρι έκλεισε ραντεβού στον Βιτσέντζο στις 10 Δεκεμβρίου στην γκαλερί του στη Φλωρεντία. Παρών στη συνάντηση ήταν και ο Τζιοβάνι Πότζι, διευθυντής της διάσημης πινακοθήκης της πόλης «Ουφίτσι», που δεν πολυπίστεψε αυτή την ιστορία. Την επομένη ο Βιτσέντζο οδήγησε τους δύο άνδρες στο δωμάτιο του ξενοδοχείου του «Τρίπολι-Ιτάλια». Με αποφασιστικές κινήσεις άνοιξε ένα μπαούλο και από ένα κρυφό πάτο τους φανέρωσε τον διάσημο πίνακα. Οι δύο άνδρες έδειξαν συγκρατημένη έκπληξη, καθώς γνώριζαν ότι κυκλοφορούν δεκάδες πλαστές Τζοκόντες. Για καλό και για κακό είχαν ειδοποιήσει τους Καραμπινιέρους, οι οποίοι συνέλαβαν τον Βιτσέντσο.
Κατά τη διάρκεια της ανάκρισης αποκαλύφθηκε ότι το πραγματικό όνομα του Λεονάρντο Βιτσέντζο ήταν Βιτσέντζο Περούτζια. Ήταν τριάντα ετών με καταγωγή από το Κόμο και για ένα διάστημα είχε δουλέψει ως ξυλουργός στο Λούβρο. Όταν έγινε γνωστό ότι ο πίνακας ήταν ο αυθεντικός, ένα κύμα συμπάθειας σηκώθηκε υπέρ του Περούτζια. Η κοινή γνώμη θεώρησε την πράξη του πατριωτική, αφού το βασικό του κίνητρο ήταν να φέρει τη Μόνα Λίζα στην κοιτίδα της. Την ίδια γνώμη φαίνεται να είχαν και οι δικαστές, που τον καταδίκασαν σε ολιγόμηνη φυλάκιση. Κατά τη διάρκεια της ακροαματικής διαδικασίας ο Περούτζια αποκάλυψε ότι αφαίρεσε τη Μόνα Λίζα από τη θέση της μεταμφιεσμένος σε συντηρητή του Μουσείου. Την έκρυψε κάτω από τη φόρμα του (ο πίνακας έχει μέγεθος 0,53 x 0,77 μ.) και βγήκε σαν κύριος από το Μουσείο. Το κρησφύγετό του ήταν μόλις ένα χιλιόμετρο από το Λούβρο.
Η Μόνα Λίζα παρέμεινε για ένα μήνα στην Ιταλία, προτού επιστρέψει στη Γαλλία. Εκτέθηκε στο «Ουφίτσι» και στα μεγαλύτερα μουσεία της Ιταλίας και εκατομμύρια Ιταλών θαύμασαν το αινιγματικό της χαμόγελο. Στις 31 Δεκεμβρίου 1913, 60.000 άνθρωποι την κατευόδωσαν στον σιδηροδρομικό σταθμό του Μιλάνου. Ταξίδεψε σε ειδικά φυλασσόμενο βαγόνι της ταχείας Μιλάνου – Παρισίων και από τις 4 Ιανουαρίου 1914 εγκαταστάθηκε και πάλι στο Λούβρο, όπου εκτίθεται έως σήμερα, κάτω από πρωτοφανή μέτρα ασφαλείας.